מכון התלמוד הישראלי השלם עוסק בהוצאת תלמוד בבלי, סדר נשים, על פי כל כתבי היד, הדפוסים הראשונים וקטעי גניזה (דקדוקי סופרים השלם); כל האיזכורים שבספרי הגאונים והראשונים; והמקבילות בכל ספרות התנאים והאמוראים (מסורת הש"ס השלם) - בתוספת הערות והארות. מרבית המסכתות בסדר נשים כבר יצאו לאור, ונותרו עוד מסכתות קידושין ונזיר ומחצית מסכת גיטין.
במקביל הוציא המכון לאור מהדורה דומה (כתבי יד, דפוסים ראשונים, איזכורים ומקבילות) למשניות סדר זרעים.
כמו כן עוסק מכון התלמוד הישראלי השלם בהוצאת כתבי יד של ראשונים, עם הגהות, הערות והארות.

עד כה יצאו לאור כתבי הראשונים הבאים:

• בית הבחירה למאירי, לרוב מסכתות הש"ס
• פסקי הרי"ד והריא"ז, לרוב מסכתות הש"ס (נותרו עוד המסכתות חולין ונידה)
• חידושי הרמב"ן למסכתות הש"ס, בהדרתו של הרב משה הרשלר
• עליות דרבנו יונה, בהדרתו של הרב הרשלר למסכת בבא-בתרא
• תוספות ר"ש משאנץ, למסכת כתובות
• קובץ ספרי סת"ם
• קובץ ראשונים, למסכתות ברכות; ראש השנה, יומא ותענית; ומועד-קטן
• פירוש הר"י ב"ר מלכי-צדק, למשניות סדר זרעים
• תוספתא שביעית, על נוסחאותיה ופירושיה, בתוספת דיני השביעית מתוך התוספתא כולה, חיי-אדם ומהרי"ל דיסקין, ובירורי הלכה מאת הרב דוד מצגר

עומדים לצאת אי"ה:

• פירושי הר"י מלוניל, למסכת שבת
• השלמת מפעל התלמוד השלם לסדר נשים
• השלמת מפעל פסקי הרי"ד והריא"ז על כל מסכתות הש"ס